Berdasarkan SK Rektor No. 2.7/UN34/VIII/2020 tanggal 7 Agustus 2020, maka Program Studi Magister Linguistik Terapan berpindah pengelolaannya dari Program Pascasarjana ke Fakultas Bahasa dan Seni (FBS) UNY. Dalam SK tersebut disebutkan bahwa perpindahan ini dimulai dari tanggal 31 Agustus 2020. Dengan adanya perpindahan ini, dihrapkan dapat meningkatkan kesinambungan akademis antara Jurusan Pendidikan Bahasa dan Sastra S-1 (Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, Bahasa Jerman, Bahasa Prancis, dan Bahasa Jawa) dengan S-2 Linguistik Terapan.